1904 erwarb die Jüdische Gemeinde (1910 insgesamt 493 Mitglieder) ein Grundstück in der Schäffnerstraße, das ehemalige Amtsgericht. 1908 wurde ein Wettbewerb ausgeschrieben; den ersten Preis gewann Wilhelm Stiassny, k. u. k. Baurat aus Wien. Er war damals mit zwölf Synagogen eine anerkannte Koryphäe des neomaurischen und neuromanischen Synagogenbaus. Sein Entwurf im Duktus der Neorenaissance scheiterte jedoch am Einspruch der Königlichen Baubehörde in München. Der gewählte Stil passe nicht zu Regensburg.
Damit kam die zweite Chance für das zu jener Zeit in Regensburg höchst erfolgreiche Architektenbüro von Joseph Koch und Franz Spiegel, deren "maurischer" Entwurf gegen Stiassny unterlag. Im Februar 1911 genehmigte Prinzregent Luitpold Kochs leicht abgeänderten Plan: Synagoge mit Gemeindehaus nebst Werktagsbetsaal, Schule und Mikwe. Mit weiteren kleinen Änderungen wurde der leicht ins Oval abgewandelte Zentralbau (290 Sitzplätze für Männer, 180 für Frauen) verwirklicht und am 29. August 1912 feierlich eingeweiht.
Die neue Synagoge war technisch hochmodern (Säulen und Emporen aus Eisenbeton), sie galt als monumentales Gebäude mit markanten Akzenten. Etwa das große Rundfenster mit Davidstern in der Hauptfassade, die an Zeltbahnen erinnernde Dachhaut auf der imposanten Kuppel sowie die zwei Treppenhaustürme vor dem Hauptportal mit je einem eleganten Monopteros als Abschluss und der goldene Davidstern hoch über der Kuppel. "Möge auch der neue Tempel auf Jahrhunderte hinaus den festen und sicheren Mittelpunkt für das Kultusleben der Regensburger Israeliten bilden und ihnen selbst daraus reiches Leben erblühen …" – Der bei der Einweihung vom Ersten Bürgermeister Dr. Otto Geßler geäußerte Wunsch sollte sich nicht bewahrheiten: Gerade einmal 26 Jahre später wurde die Synagoge in der Reichspogromnacht des 9. November 1938 in Brand gesteckt und vollständig vernichtet. Was Gauleiter Fritz Wächtler an den Nazi-Oberbürgermeister Dr. Otto Schottenheim schrieb, wurde wahr: "Ich habe den Befehl gegeben, dass heute Nacht die Synagoge anzuzünden ist bzw. zu verschwinden hat. Kein Stein soll auf dem andern bleiben." Die ersten Deportationen der bis dahin noch in Regensburg lebenden Mitglieder der Jüdischen Gemeinde folgten 1942.