Der Regensburger Preis für Frauen in Wissenschaft und Kunst wird in der Regel alle zwei Jahre ausgelobt und ist mit einem Preisgeld dotiert. Er kann an bis zu drei Preisträgerinnen vergeben werden, wobei das Preisgeld aufgeteilt werden kann. Die Vergabe undotierter Preise ist gleichfalls möglich.

Das Preisgeld steht den Preisträgerinnen als Projektförderung zur Verfügung. In der Bewerbung müssen die Wissenschaftlerinnen und Künstlerinnen deutlich machen, dass sie grundsätzlich eine wissenschaftliche oder künstlerische Hochschulkarriere anstreben und wie sie das Preisgeld zur Erreichung dieses Ziels einsetzen wollen. Die Höhe des Preisgeldes wird vom Stadtrat bei der Beschlussfassung über den Haushaltsplan festgesetzt und beträgt in der Regel 15.000 Euro. Die Preisträgerinnen erhalten im Rahmen eines Festakts im Historischen Reichssaal außerdem eine Urkunde.

Für den Regensburger Preis für Frauen in Wissenschaft und Kunst haben die Dekane der Fakultäten sowie die Hochschulleitungen das alleinige Vorschlagsrecht für geeignete Forscherinnen und Künstlerinnen. Eine Jury, bestehend aus der Oberbürgermeisterin beziehungsweise dem Oberbürgermeister, der Referentin oder dem Referenten für Wirtschaft, Wissenschaft und Forschung, der Rektorin oder dem Rektor beziehungsweise den Präsidentinnen und Präsidenten der Regensburger Hochschulen, den Frauenbeauftragten aus den drei Hochschulen sowie der städtischen Gleichstellungsbeauftragten, kann wechselnd einen oder mehrere wissenschaftliche oder künstlerische Bereiche definieren, bewertet die Bewerbungen und gibt eine Empfehlung an die Stadt Regensburg. Fachberatung kann, soweit notwendig, von der Jury hinzugezogen werden. Der Stadtrat entscheidet über die Empfehlung und verleiht die Auszeichnung.