Für diejenigen bayerischen Träger, die keiner bundesweiten Zentralstelle zugehören, fungiert er als Zentralstelle. In dieser Funktion ist er für die Vergabe von Mitteln des Kinder- und Jugendplans des Bundes, des Deutsch-Französischen, Deutsch-Polnischen und Deutsch-Griechischen Jugendwerks sowie des Kinder- und Jugendprogramms der Bayerischen Staatsregierung zuständig.
Auch ist er Träger des deutsch-tschechischen Koordinierungszentrums Tandem.
Im Auftrag der Bayerischen Regierung organisiert und koordiniert er den vom Freistaat geförderten internationalen Jugendaustausch. Aus Mitteln zur Umsetzung des Kinder- und Jugendprogramms der Bayerischen Staatsregierung können folgende schulische Begegnungen durch den BJR gefördert werden:
- Begegnungen auf Gegenseitigkeit zwischen bayerischen Schulen und Partnerschulen in Mittel-, Ost- und Südeuropa sowie Israel; gemeinsame Aktivitäten und die Erarbeitung von Themen müssen im Mittelpunkt stehen.
- Aktivitäten mit einer Partnerschule in Tschechien, welche weniger als vier Tage umfassen; ob diese in Tschechien oder in Bayern stattfinden, spielt für die Förderung keine Rolle.
- Schulaustausch oder Sportaustausch mit Jugendlichen aus Griechenland; nicht-touristische Mobilität und auf dem Prinzip der Partnerschaft beruhend, das heißt gemeinsame Planung des Projekts mit der Partnerorganisation.
