Das Bundesministerium für Familie, Senioren, Frauen und Jugend hat im Jahr 2002 das Modellprojekt „Kompetenzagenturen“ ins Leben gerufen und unter dem Dach der Initiative JUGEND STÄRKEN aus Mitteln des Europäischen Sozialfonds gefördert.
Die Kompetenzagentur ist seit Beginn des Projektes bei der Stadt Regensburg, beim Amt für kommunale Jugendarbeit angesiedelt. Seitdem hat sich die Kompetenzagentur stetig weiterentwickelt.
Im Jahr 2013 endete die Förderung vom Bundesministerium und dem Europäischen Sozialfond bundesweit für das Projekt. Die Stadt Regensburg hat daraufhin die Kompetenzagentur in ihrem Stellenplan verstetigt und die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter mit unbefristeten Arbeitsverhältnissen ausgestattet.
Als Nachfolger wurde 2014 das Programm „Jugend stärken im Quartier“ geschaffen, das neben der Stadt Regensburg die Arbeit der Kompetenzagentur von 2015-2022 gefördert hat. Durch Mittel des Europäischen Sozialfonds (ESF) wurden damit Angebote für junge Menschen zur Überwindung von sozialen Benachteiligungen und individuellen Beeinträchtigungen am Übergang von der Schule in den Beruf ermöglicht. Der Schwerpunkt lag in den Gebieten der „Sozialen Stadt“ und vergleichbaren Brennpunkten.