An der Südfassade der neuen Synagoge ist eine von bislang zwei Stolperschwellen verlegt: "VON HIER AUS / 31 MENSCHEN IM JÜDISCHEN GEMEINDEHAUS ZWANGSEINQUARTIERT / DEPORTIERT 23. SEPTEMBER 1942 / THERESIENSTADT UND AUSCHWITZ / ERMORDET"

"Brandursache: unbekannt." Dieses Fazit im Einsatzbuch der Feuerwehr zum Synagogenbrand mit Datum vom 10. November 1938 unterscheidet sich drastisch von dem, was die Augenzeugin Frieda Rohrmeier 1948 vor Gericht schilderte: "Benzin taten sie von einem Lastauto herunter und trugen es in Kübeln in die Synagoge ..."

Das Gemeindehaus, das direkt neben der Synagoge lag, den Brand aber ohne größere Schäden überstand, nutzte das NS-Regime später für Zwangseinquartierungen von Juden, deren Wohnungen und Häuser Parteigenossen "entjudet" hatten. Am 23. September 1942 wurden von hier aus 31 Personen nach Theresienstadt deportiert: 18 Frauen, 13 Männer, der Älteste 89 Jahre alt, die Jüngste 46 Jahre alt. Aus Regensburg insgesamt waren es an diesem Tag 117 Frauen und Männer; 119 Regensburger Juden und 94 aus der Oberpfalz und Niederbayern sowie 343 aus München, weitere 433 aus Schwaben – insgesamt 989 Frauen, Männer und Kinder – hatte man am 2. April 1942 in den Tod abtransportiert. Sobald der Zug die Reichsgrenze passierte, wurden die Deportierten staatenlos, fielen alle Bankkonten, aller Grundbesitz und sonstigen Vermögenswerte, alle Kunstgegenstände etc. ans Deutsche Reich.