Die Existenz eines reichsstädtischen Archivs lässt sich seit der zweiten Hälfte des 14. Jh.'s durch die Bestallung des Kaufherrn Matthäus Runtinger als "Archivar" nachweisen.
Die nächste Nachricht stammt aus dem späten 18. Jh., als Plato Wild die damals großen Urkundenbestände vezeichnete.
Zu Beginn des 19. Jh.'s verteilte sich das Archiv auf 4 Gewölbe des Alten Rathauses; dessen Vorstand Carl Theodor Gemeiner (1756-1823), der Verfasser der "Regensburgischen Chronik", erhielt unter der Regierung von Carl Theodor von Dalberg zwischen 1803 und 1810 die Aufsicht über alle in Regensburg existierenden weltlichen und geistlichen Archive, die er mit dem Konventualen Roman Zirngibl von St. Emmeram zusammen betreute.
Mit der Verstaatlichung des reichsstädtischen Archivguts nach dem Übergang Regensburgs an das Königreich Bayern 1810 begann der Verfall des städtischen Archivwesens.
Nach dem Tode Zirngibls (1816) und Gemeiners (1823) dekretierte das Reichsarchiv in München die Verbringung großer Mengen reichsstädtischen Archivgutes nach München, 1824 gelangten u. a. rund 14.000 Urkunden, 850 Amtsbücher und 7000 Testamente in das Reichsarchiv. Diese Maßnahme behindert auch heute noch erheblich die Stadtgeschichtsforschung.
In den folgenden Jahren führte der Mangel an geeigneten Räumlichkeiten und Fachpersonal zu weiteren Schriftgut-Verlusten, die ihren Höhepunkt 1851 mit dem durch die königliche Regierung angeordneten Verkauf großer Archivalienmengen ihren Höhepunkt erreichte.
Das noch verbliebene Schriftgut ließ die Stadt in der Folgezeit durch nebenamtliche Kräfte, wie den ehemaligen Berufsoffizier Joseph Rudolf Schuegraf (1790-1861), ordnen und Findmittel erstellen.
Bis 1928 blieb das Stadtarchiv immer nur nebenamtlich betreut, zwischen 1928 und 1948 gliederte man es sogar dem Museum an.
Erst seit 1961 ist das Stadtarchiv wieder mit hauptamtlichen Fachkräften besetzt. Erst damit wurde -angesichts der umfangreichen Bestände - eine den Erfordernissen der Archivwissenschaft genügende Arbeit möglich.
Im Jahr 1977 schloss sich für das Stadtarchiv der Kreis mit dem Umzug in das Runtingerhaus,
